Тотчас после отъезда султана смуты возобновились. Племя джи-килей, составлявшее ядро войска Караханидов, было недовольно скупостью султана, который за время своего пребывания в Мавераннахре ни разу не угостил их2 (очевидно, джикили поступили на службу к Me-ликшаху); восстание их заставило наместника удалиться в Хорезм. Начальник джикилей Айн ад-дауля призвал изСемиречья Якуб-тегина, правителя города Атбаша, брата кашгарского хана. Якуб начал свое правление тем, что казнил Айн ад-дауля, чем, естественно, возбудил против себя джикилей. Как только Меликшах вступил в Бухару, Я куб бежал через Фергану в Атбаш; его войско около Тавависа присоединилось к Меликшаху, который снова занял Самарканд, оставил там своеп эмира и опять дошел до Узгенда. Междоусобия среди туркестанских ханов3 уничтожили всякую опасность с этой стороны, и Меликшах мог спокойно вернуться в Хорасан.
Неизвестно, какие причины побудили Меликшаха через некоторое время возвратить престол Ахмеду, который, однако, правил недолго и погиб в начале 1095 г. в борьбе с духовенством. Во время своего пребывания в Персии хан имел сношения с еретиками-дейлемийцами; после возвращения в Мавераннахр его обвинили в ереси; самаркандские фа-кихи и казии распространили среди войска фетву, требовавшую низложения и смерти хана. Ахмед пользовался в столице такой популярностью, что произвести восстание там было невозможно; военная партия подговорила начальника города Касана, Тогрул-Янал-бека, отложиться от правительства; когда Ахмед подошел к городу с войском, начальники последнего произвели возмущение, схватили хана и отвели его обратно в Самарканд.